搜索引擎通常會把子域名（或稱為二級域名）當做一個基本獨立的網站看待，就是說
 http://www.dnso123.com
和
 http://blog.dnso123.com
是兩個互相獨立的網站。
 而目錄
 http://www.dnso123.com/blog
就是純粹是 http://www.dnso123.com的一部分.
順便說一句，www.dnso123.com其實是dnso123.com 的一個子域名，只是約定俗成，網站一般以www.dnso123.com 為主URL。
如果拋開其他因素，只看著兩個URL：
  （1）http://blog.dnso123.com
   (2) http://www.dnso123.com/blog
   子域名http://blog.dnso123.com的權重稍微高一點，因為搜索引起會把這個URL當做網站的首頁。另外很多人觀察到，主域名很多時候回傳遞一小部分的信任度（是信任度，不是PR）給子域名。
所以單就URL來看，子域名比目錄天生的權重和排名能力稍微高一點，但從SEO角度看，我建議盡可能使用目錄，而不是子域名。
子域名和主域名是兩個完全不相同的網站，要推廣的也是兩個網站，所有的優化工作都要多做一遍，尤其是外部鏈接建設，網站PR值、權重都會被這兩個獨立的網站分散，主域名經過外部鏈接建設獲得高權重，不以為著子域名就獲得了高權重。
子域名的使用會使網站變多，同時每個子域名網站變小。目錄會使一個網站越做越大。網站越大，包含的內容自然就越多，對用戶的幫助就越大，他所積累的信任度就越高。
當然，這只是對一般網站而言。在某些情況下，子域名是更適當的。比如：
（1）網站內容足夠多，每一個子域名下涵蓋的內容都足以成為一個獨立的網站而且毫不遜色。有很多這樣的網站，諸如各類門戶。想新浪、搜狐這種級別的網站，任何一個頻道的內容都比絕大多數網站多得多。
 （2）跨國公司不同國家的分部或分公司，采取子域名有利于建立自己的品牌。而且各個分公司的內容很可能是由不同國家的團隊自行維護，與獨立網站沒有什么區別。
 （3）公司有不同的產品線，而且相互之間聯系不大，或者完全是以不同的品牌出現的，這時每一個產品線或品牌可以用子域名或者獨立域名。如幾乎所有的汽車公司每一個品牌甚至每一個車型都有自己獨立的品牌或網站。手機公司也是如此，門戶類網站推出不同服務時，如博客、微博、論壇、郵件，也以子域名為宜。
  （4）分類信息網站，不同城市使用不同的子域名。這類分類信息網站通常都有海量數據，某一個省份或者城市的內容都能獨立成站，而且不同城市、省分很可能有不同的發展目標和安排，管理也是由不同的團隊操作的。
  （5）平臺類網站，如B2B和淘寶類商城。每個用戶都有自己相對獨立的展示平臺，使自己的子域名對品牌建設、推廣有好處。
 除了網站規模和類型，子域名和目錄的選擇有時還得看其他情況。比如，目標搜索引擎如果是百度，使用子域名或獨立域名更有利，因為百度給網站首頁權更高。相比之下，Google給予網站首頁、目錄及內頁大致相同的機會，如果是做英文網站，采用目錄結構，不會出現明顯的不利。