網站結構有兩方面的意思，一是物理結構，二是鏈接結構。
1.物理結構
 網站物理結構指的是網站真實的目錄及文件所在的位置所決定的結構。
 一般來說比較合理的物理結構有兩種。一種是扁平式的，也就是所有網頁文件都存在網站根目錄下。
 這樣的結構比較適合小型網站。如果有太多文件放在根目錄下，制作和維護起來都比較麻煩，容易搞亂。大中型網站把文件都放在根目錄下基本就無法管理了。
 扁平物理結構的一個優勢就是，很多人認為根目錄下的文件比深層目錄中的文件天生權重高一點。
  第二種是樹形結構，或稱為金子塔形結構。根目錄之下以目錄形式分成多個產品分類，（或者稱為頻道、類別、目錄、欄目等），然后在第一個分類下再放上屬于這個分類的具體產品（或稱為文章、帖子等）頁面。
  樹形結構邏輯清晰，頁面之間的隸屬關系一目了然。
  需要說明的是，這里說物理結構是“真實的目錄及文件所在的位置所決定的結構”，
只是為了方便說明理解。數據庫驅動、程序生成的網站并不存在真實的目錄和文件，URL中的目錄和文件都是程序實時生成的，但就網站結構來說，與真實存在的目錄和文件沒有什么區別。
2.鏈接結構
 網站結構的第二個意義指的就是鏈接結構，或者稱為邏輯結構，也就是網站內部鏈接形成的鏈接網絡圖。
  比較合理的鏈接結構通常是樹形結構。如圖：
  H為網站首頁，C1和C2是分類首頁，P1、P2是分類C1下的產品頁面，P3、P4是分類C2下產品。其中的鏈接關系如下：
    （1）首頁鏈向所有分類首頁。
（2）首頁一般不直接鏈接向產品頁，除了幾個需要特殊推廣的產品。
（3）所有分類首頁鏈向其他分類首頁，一般以網站導航形式體現。
（4）分類首頁都鏈回網站首頁。
（5）分類首頁鏈向本分類下的產品頁。
（6）產品頁都鏈接向網站首頁，一般以網站導航形式體現。
（7）產品也鏈向所有分類首頁，一般以網站導航形式體現。
（8）產品也可以鏈向同一個分類的其他產品頁。
（9）產品頁一般不鏈接向其他分類的產品頁。
（10）在某些情況下，產品也可以用適當的關鍵詞鏈接向其他分類的產品頁面，如P2鏈向P3。
從圖示和說明可以看到這些鏈接會很自然地形成一個樹形的網絡圖，這種鏈接網絡可以與物理結構重合，也可以不一樣，比如扁平式的物理結構網站完全可以通過鏈接形成鏈接上的樹形結構。
當然實際網站鏈接結構要復雜的多，一級分類下不可能只有兩個，下面還可能有二、三級分類，末級分類可能有很多個翻頁，還可能有各種排序頁面等。但網絡鏈接基本形式大體相同。
對搜索引擎來說更重要的是鏈接結構，而不是物理結構。不少人有誤解，認為物理結構比較深的頁面不容易被搜索引擎收錄。比如說：
http://www.36now.com/e/news/seo/2012/04/187.html
像這樣的物理目錄結構比較深的URL，是不是就不容易被收錄呢？那不一定。如果這個頁面在網站首頁上有一個鏈接，對搜索引擎來說他就是一個僅次于首頁的鏈接結構意義上的二級頁面，收錄容易與否在于頁面處于鏈接結構的什么位置。距離首頁有幾次點擊的距離，而不是它的目錄層次。
樹形鏈接結構使權重在網站各頁面上均勻分布，深層內頁可以從首頁4~5次點擊達到。但當網站規模比較大時，還會出現各種問題。